Aislamiento geográfico
En el ejemplo de la mosca de la fruta, algunas larvas fueron arrojadas en una isla, y la especiación comenzó porque las poblaciones no pudieron cruzarse debido al aislamiento geográfico. Los investigadores creen que el aislamiento geográfico es un modo común para que comience el proceso de especiación: el cambio de curso de los ríos, la elevación de las montañas, la deriva de los continentes, la migración de los organismos, y lo que fue alguna vez una población entera es dividida en dos o más poblaciones pequeñas.
Inclusive no necesita ser una barrera física como un río que separa dos o más grupos de organismos podría ser sólo un hábitat desfavorable entre las dos poblaciones que se abstienen de aparearse.
Reducción del flujo génico
Sin embargo, la especiación podría también suceder con ninguna barrera externa específica para el flujo genético. Imagínate una situación en la cual una población se extiende sobre un extensa pradera, y el apareamiento entre la población no es azaroso. Los individuos en el extremo oeste tendrían cero oportunidad de aparearse con los del extremo este de la pradera. Así que hemos reducido el flujo génico, pero no el aislamiento total. Esto puede no ser suficiente para causar especiación. La especiación podría también requerir diferentes presiones de selección en las extremos opuestos de la pradera, lo cual alteraría las frecuencias génicas en los grupos en los distintos puntos de la pradera de tal modo que no podrían aparearse si ellos se reuniesen. (dibujo)
Incluso en ausencia de una barrera geográfica, el flujo génico reducido a través de un rango de especies puede promover la especiación.