Existen distintos métodos de producción de vacunas:

Vacunas con patógenos muertos o inactivados:
Se trata a los patógenos con calor o sustancias químicas que provocan su muerte, aunque conservan su capacidad antigénica. Al aplicar la vacuna, se estimula al sistema inmune pero no se produce multiplicación de agente infeccioso.

Vacunas con patógenos atenuados:
Una segunda alternativa es el uso de un filtrado de patógenos atenuados. Durante la atenuación, los patógenos pierden su poder de virulencia pero mantienen algunos antígenos capaces de generar la respuesta inmune.

Vacunas acelulares o con subunidades del patógeno:
En el caso anterior las vacunas contienen al patógeno completo pero atenuado, otras vacunas contienen solamente, estructuras provenientes del patógeno, como moléculas de la superficie celular, macromoléculas del interior de la célula o flagelos celulares.

Vacunas obtenidas por recombinación:
Este tipo de vacuna se obtiene por clonación de genes que informan por ejemplo, para proteínas de superficie del patógeno, producidas en el interior del microorganismo huésped.
Por ejemplo, el gen que codifica para una proteína de superficie del virus de la hepatitis B, puede ser clonado en el interior de una célula de levadura. Las levaduras producen las proteínas de superficie viral, las que pueden purificarse y crecer en un medio de cultivo, finalmente se emplean en la confección de la vacuna.