Los lisosomas son vesículas membranosas que contienen enzimas hidrolíticas. Estas enzimas digieren partículas que la célula incorpora por fagocitosis. Los lisosomas también digieren organelas envejecidas, como por ejemplo mitocondrias.
Las enzimas hidrolíticas que degradan proteínas, ácidos nucleicos, lípidos y carbohidratos se forman en el retículo endoplasmático, luego son transportadas en vesículas hacia el aparato de Golgi. Los lisosomas se originan en el aparato de Golgi.
Cuando un virus o bacteria ingresa por fagocitosis, un lisosoma se fusiona a la vesícula que contiene al material fagocitado, liberando las enzimas que hidrolizan al material.
Los lisosomas también se fusionan a organelas defectuosas o mitocondrias no funcionales. La destrucción de estas estructuras permite el reciclado de materiales.