Aprendamos acerca de la filogenia a partir de la ontogenia
Al estudiar la ontogenia (el desarrollo de los embriones), los científicos pueden aprender acerca de la historia evolutiva de los organismos. Las características ancestrales, están a menudo pero no siempre, preservadas en el desarrollo del organismo. Por ejemplo, los embriones de pollo y humanos pasan por estadios donde tienen hendiduras y arcos en sus cuellos que son idénticos a las hendiduras y arcos de las branquias de los peces. Esta observación sostiene la idea que pollos y humanos comparten un ancestro común con los peces. Los caracteres embriológicos, junto con otras líneas de evidencia, pueden ser usados para construir filogenias.
No es una recapitulación
A fines de 1800 algunos científicos sostenían que la ontogenia no sólo podía revelar algo acerca de la historia evolutiva, sino que también conservaba un registro paso a paso de esa historia. Esos científicos afirmaban que la ontogenia recapitulaba la filogenia (ORP). Esta frase sugiere que el desarrollo de un organismo nos mostrará los estadios de la vida adulta de su historia evolutiva, o su filogenia. Al mismo tiempo, los científicos pensaron que la evolución funcionaba por adición de nuevos estadios al final del desarrollo de un organismo. Esto significa que el desarrollo repite o reitera su historia evolutiva: la ontogenia reconstruye la filogenia.
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Esta idea es una posición extrema. Si fuera estrictamente cierta, podríamos predecir, por ejemplo, que en el curso del desarrollo del pollo, se presentan los siguientes estadios un organismo unicelular, un ancestro multicelular invertebrado, un pez, un reptil, un ave ancestral y finalmente un pollito. Este no es el hecho reconocido por los científicos cuando se introdujo la idea que la ontogenia muestra la filogenia. Si se observa el desarrollo del pollo, encontraremos que el embrión puede parecerse al embrión de los reptiles y de los peces en algunos puntos de su desarrollo, pero no recapitula las formas de sus ancestros adultos.
Aún a pequeña escala, la ORP es incorrecta. Por ejemplo, el axolote ha evolucionada a partir de una salamandra ancestral que tenía branquias internas en su etapa adulta. Sin embargo, el axolote no pasó por un estadio con branquias internas, sus branquias son externas en flagrante violación a la ORP.
Si la ORP fuese cierta, sería posible construir filogenias muy fácilmente. Nosotros podríamos estudiar el desarrollo de un organismo y leer su historia directamente. Desafortunadamente, los filogenetistas no tienen tanta suerte.